متوترکسات در درمان آرتریت روماتوئید، پسوریازیس و همچنین در درمان کارسینوم پستان، سر و گردن، ریه، تومور تروفولاستیک، لوسمی لنفوستیک حاد، لوسمی مننژیال، لنفوم های غیر هوچکینب، میکوزفونگوئید، استئوسارکوما، به کار می رود. همچنین در درمان کارسینوم گردن رحم، تخمدان، مثانه، کلیه، پروستات وبیضه، لوسمی میلوسیتیک حاد، میلوم مولتیپل، آرتریت ناشی از پسوریازیس و درماتومیوزیت نیز مصرف شده است.