مرکاپتوپورین در درمان لوسمی های حاد، میلومونوسیتیک حاد ومیلوسیتیک مزمن، لنفوهای غیر هوچکینی، پلی سیتمی ورا، بیماری التهابی روده و آرتریت ناشی از پسوریازیس مصرف می شود.