این دارو به عنوان داروی انتخابی در درمان یا پیشگیری از پنومونی ناشی از پنوموسیس تیس کارنی و نیز توکسوپلاسموز، نوکاردیاز، عفونت های مجاری ادرار و تشدید حاد برونشیت مزمن مصرف می شود . همچنین، کوتریموکسازول فقط در درمان عفونت گوش میانی ناشی از میکرو ارگانیسم های حساس در کودکان مصرف می شود.
